Как по мне, самый лучший - Dolphin из KDE.
Только он может одновременно разбивать на группы файлы и сортировать их.
Может на него и нельзя понавесить разных "плюшек",но, для меня важную роль играет визуализация. Если в файловом менеджере я вижу "свалку" файлов, это не мой файловый менеджер.