Я бы попробовал сохранить информацию с диска D на внешнем носителе и отформатировал диск из под DOS. Загрузочную дискету можно создать на любом компьюторе с Windows. После этого разбить диск на необходимые разделы: два под Windows (который нужно установить первым), C и D, и под Linux. При установке Ubuntu необходимо обратить внимание, куда устанавливается загрузчик. Выбрать можно на вкладке, где выводится информация, какие разделы будут созданы, как отформатированы и т.д.(после этой вкладки начинается установка системы), там есть кнопка "Дополнительно" (если не ошибаюсь). В открывшейся вкладке можно выбрать, куда система будет ставить grub, рекомендую выбрать раздел /. При создании разделов под Ubuntu можно записать, как система определила этот раздел. Загрузчик можно поставить хоть на дискету, а по умолчанию grub устанавливается в MBR, и удалить его оттуда у меня получилось только форматированием из-под чистого DOSa.