Химия:
Chemtool - Рисование и расчеты химических структур
Kalzium - периодическая таблица и инструменты связанные с химией
GPeriodic - периодическая таблица Менделеева
RasMol - Просмотр макро-молекул и подготовка к публикации их изображений
Avogadro - Молекулярное Проектирование и Система Моделирования
Melting - вычисления температуры плавления пар аминокислот
EasyChem - Высококачественное изображение молекул и 2D химических формул
Gdis - Средство просмотра моделей молекул и кристаллов
PyMol - Система молекулярной графики
ViewMol - программы вычислительной химии
GChemPaint - двухмерный редактор химическиx элементов

Программирование:
Bluefish Editor - мощный HTML-редактор
Lazarus - среда разработки графических и консольных приложений на Free Pascal
Gambas - визуальная среда разработки для GNOME
KTurtle - образовательная среда программирования
KDevelop - визуальная среда разработки для KDE
Scratch - создавайте истории, игры и мультфильмы
Laby - обучение программированию на примере муравьёв и паучьих сетей
Yorick - интерпретируемый язык для научных расчётов и графики
FP-IDE - интегрированная среда разработки Free Pascal
DDD (Data Display Debugger) - графический интерфейс для отладчиков: GDB, DBX, XDB, JDB и других
DrPython - редактор/среда разработки программ на языке Python
Umbrello - Инструмент для работы с UML-моделями и генератор кода

География:
KGeography - обучение географии
Marble - Настольный глобус
GLandKarteGT - создание карт (GeoTiff и векторных) для GPS и управление GPS-приёмниками
GPScorrelate - Программа для привязки цифровых фотографий к данным GPS с помощью заполнения полей EXIF
GRASS (Geographic Resources Analysis Support System) - геоинформационная система (GIS)
OpenSceneGraph - Инструментарий для разработки приложений симуляторов полета, виртуальной реальности и д.р
Thuban - Интерактивный просмотр географических данных
Viking - редактор, анализатор и просмотр данных GPS

Графика:
Xaos - интерактивный фрактальный Zoomer в реальном времени
TuxPaint - программа рисования для детей
GIMP - мощный растровый графический редактор
Inkscape - мощный векторный графический редактор
Dia - редактор диаграмм, графиков, схем и т.д. 
LibreCad - система автоматизированного проектирования (CAD)
Scribus - настольная издательская система
Blender -  система трёхмерного моделирования и рендеринга
KolourPaint простое приложение для рисования и редактирования изображений
pencil
Pencil2D - Создание рисованной анимации (мультфильм) с использованием растровой и векторной графики
XPaint - Простая программа для рисования в X
Hugin - Создания панорамных фотоснимков
TGif - Редактор 2D векторной графики
XFig - Средство для интерактивного создания рисунков

Язык:
Kanagram - головоломка "перемешенное слово"
KHangMan - головоломка Виселица
KLettres - программа рисования для детей
Parley - Словарный тренажер
KWordQuiz - Флэш программы обучения
OpenDict - Компьютерный словарь для словарей в форматах DICT, Slowo, Mova и Lingvo
Kiten - Набор справочно-обучающих инструментов для обучения японскому языку
Dict - Клиент-серверный словарь
WordNet - Электронная лексическая база данных английского языка
Festival - Многоязычная система синтеза речи
Klavaro - Клавиатурный тренажёр
KTouch - Клавиатурный тренажёр
TypeSpeed - Правильное набирание слов, пролетающих по экрану
TuxType - игра, обучающая машинописи, с Туксом в главной роли

Игры:
Blinken - игра на развитие памяти
GCompris – Обучающая игра для детей от 2 до 10 лет
pySioGame - пакет обучающих игр для детей от 3-х до 10-и лет
Ktuberling - Игра с картинками для детей
LMemory - детские игры для развития памяти
Childsplay - набор развивающих игр для маленьких детей
PySyCache - Научите детей работать с мышкой
Atomix - Головоломка с построением молекул из отдельных атомов
Einstein - логическая игра по мотивам головоломки Эйнштейна
Gamine - игра для детей двух лет с использованием мыши для рисования
GBrainy - головоломки и упражнения для развития логического мышления
Ri-Li - симулятор игрушечного поезда
cGoBan - доска для игры в Го
GNUchess - Шахматы
GTans - игра-головоломка Танграм
XBoard -  графическая шахматная доска
Crafty - сильная шахматная программа для игры через сервер ICC

Математика:
Cantor - оболочка для математического программного обеспечения
KAlgebra - Решение и построение графиков математических выражений
Kbruch - вычисления с дробями
Kig - интерактивный инструмент геометрии
KmPlot - математические функции плоттер
GeoGebra - динамическая геометрическая среда
Euler - интерактивные математические среды программирования
Mathomatic - переносимая система компьютерной алгебры (CAS)
Octave - язык высокого уровня для численных вычислений
Drgeo -  интерактивная геометрическая программа
Rocs - интегрированная среда разработки для теории графов
Algobox - Знакомство с алгоритмами
Lybniz - Построитель графиков математических функций
Tuxmath - Игра для развития арифметических навыков у детей
Geomview - Интерактивный просмотр геометрии
GNUplot - Утилита для построения графических изображений
Grace - Инструмент рисования XY-диаграмм
Graphmonkey - Калькулятор
Xabacus - Моделирование древнего калькулятора
Gretl - Регрессионная, эконометрическая и временная библиотека для эконометрического анализа.
Qliss3D - Инструмент для демонстрации фигур Лиссажу
Yacas - небольшой и очень гибкий язык компьютерной алгебры.

Физика:
Step - Симуляция физических экспериментов
LightSpeed - Показывает, как выглядят объекты, движущиеся с околосветовыми скоростями
NumptyPhysics - Игра-головоломка с применением законов физики к нарисованным предметам
TomBoy - Ведения заметок с ссылками в стиле Wiki
Planets - Гравитационный симулятор планет
EToys - Мультимедийная среда разработки для моделирования

Электроника:
Oregano - схематическое создание электронных схем
Xoscope - цифровой осцилограф
QElectroTech - редактор электронных схем
Electric - система автоматизированного проектирования(САПР) электрических систем
Pcb - интерактивный редактор печатных плат
Fritzing - программное обеспечение для электронного проектирования

Музыка:
Solfege - Тренировка слуха
AudaCity - Аудиоредактор
HydroGen - Драм-машина / Пошаговый секвенсор
TuxGuitar - Мультитрековый редактор и проигрыватель гитарных табулатур
LinGot - Приложение для настройки музыкальных инструментов
TerminatorX - Синтезатор звука в реальном времени
PianoBooster - Освоение фортепиано играясь

Офис:
LibreOffice - офисный пакет
OOo4Kids - офис для детей
Calibre - преобразование электронных книг и их каталогизация
Gobby - Основанный на infinote текстовый редактор для совместного редактирования
Gramps - программа для генеалогических исследований
PDFmod - инструмент для изменения документов в формате PDF
Krecipes - книга рецептов
Liferea - программа чтения RSS-каналов

Сеть/Интернет:
Open-Sankore - ПО интерактивной доски
LTSP - терминальный сервер
Epoptes - Инструмент управления компьютерной лабораторией
iTalc - Интеллектуальное Преподавание и изучение с компьютеров
FET - генератор расписаний для образовательных учреждений
SchoolTool - комплект административных программ для школ
iTest - компьютерное тестирование

Разное:
KA-Lite - Взаимодействие с видео и упражнениями Khan Academy без Интернет
VYM (View Your Mind) - инструмент визуализации связей
Oracle-Java8 - Oracle Java(TM) Development Kit (JDK) 8
Gnome-Tweak-Tool - Инструмент для тонкой настройки параметров GNOME
K3b - Приложение для записи CD/DVD
WINE - средство для запуска Windows-программ
Jxplorer - просмотр LDAP
Tilp2 - коммуникация  ПК <-> Texas Instruments, используя любой тип соединительного кабеля
Jclic - Инструмент для разработки и использования мультимедийных образовательных упражнений

Язык:
Anki - программа для запоминания иностранных слов
Collatinus - лемматизация латинских текстов

Математика:
K3DSurf - инструмент для работы с математическими поверхностями
MathWar - обучение элементарной арифметике с помощью карточек
Scilab - пакет научного ПО для численных расчётов (аналог MatLab)
WxMaxima - система компьютерной алгебры Maxima с графическим интерфейсом
Kile - интегрированная среда для составления документов LaTeX
Pari-gp - PARI/GP Компьютерная алгебра система бинарса
R-cran-rcmdr - простой интерфейс для базовой статистики на языке R
Rkward - интерфейс к языку статистики R

Образовательные:
KDEedu - образовательные приложения из комплекта KDE
FlashQard - программа для улучшения процесса обучения
iGNUit - запоминание на основе карточной системы Лейтнер
Mnemosyne - интеллектуальная тренировка памяти с использованием карточек
Pauker - обучающая программа на основе карточек по разным темам
jMemorize - запоминание по карточкам

Электроника:
Gns3 - графический симулятор компьютерных сетей
Eagle - пакет проектирования печатных плат
gEDA - проектирование и редактирование электронных устройств, схем
KiCad - набор для разработки электрических схем и проектирования печатных плат
Qucs - универсальный симулятор электрических цепей
TkGate - цифровой симулятор цепи управляемых событий
GtkWave - просмотр файлов VCD (дампа изменения значения)

Игры:
LLetters - игра обучающая маленьких детей словам и цифрам
GMult - выяснить, какие буквы являются номерами
Phun (Algodoo) - 2D мульти-моделирование физических процессов
pySioGame - пакет обучающих игр для детей от 3-х до 10-и лет

Графика:
Alchemy - открытый проект чертежа
Qosmic - рекурсивный фрактальной редактор
Veusz - пакет научной графики
Xaos - интерактивный фрактальный Zoomer в реальном времени

Интернет:
KompoZer - система визуальной разработки HTML-страниц

Офис:
OOoLight - экстремально лёгкий офис для детей
VYM - (View Your Mind) инструмент визуализации связей

Программирование:
LittleWizard - среда для обучения детей программированию
Kumir - cистема программирования КуМир
Anjuta - интегрированная среда для разработки на C/C++
BOUML - UML-редактор
Code::Blocks IDE - интегрированная среда разработки
codelite - мощная и легкая C/C++ IDE
Eclipse - расширенная инструментальная платформа и Java IDE
Eric python IDE - полнофункциональная IDE для Python и Ruby
FlameRobin - инструмент администрирования СУБД Firebird
Geany - быстрая и легкая среда разработки
Glade - дизайнер интерфейсов для создания приложений GNOME
GNUSim8085 - эмулятор процессора Intel 8085
IDLE - IDE для Python использованием Tkinter
Intellij IDEA - IDE для Java компании JetBrains
Q7Basic (KBasic) - среда разработки для языка Basic
kdesvn - графический svn клиент к Subversion
MonoDevelop - среда разработки
NetBeans IDE - расширеная Java IDE
Poedit - Gettext редактор каталога
QDevelop - среда разработки, полностью посвященное Qt4
KDEWebDev - программный пакет для web-разработок
TheIDE Ultimate++ - кроссплатформенная среда для разработки на C++
USBprog - инструмент для прошивки аппаратного USBprog
Web Developer Tools - полезные инструменты для веб-разработчика
XOJO Studio - среда кросс-платформенной разработки приложений

Наука:
BKchem - Редактор химических схем и реакций
fityk - свободный анализатор пиков
Gabedit QC-GUI - графический интерфейс пользователя для пакетов Ab Initio
KSeg Geometry Sketchpad - Альбом для геометрии плоского евклидова
gElemental - Периодическая таблица
Quantum GIS - Географическая информационная система
QtiPilot - анализ и визуализация данных
Udav - визуализация данных на основе MathGL
Unipro UGENE - ПО для работы молекулярного биолога
wxMaxima - графический интерфейс для системы компьютерной алгебры Maxima

География:
Emerillon - просмотр карт
QGIS - географическая информационная система (ГИС)
Merkaator - программа для работы с электронными картами
Googleearth
Emerillon - просмотр карт

Мультимедиа:
vKeybd - виртуальная MIDI-клавиатура
FluidSynth - программный MIDI-cинтезатор в реальном времени
QSynth - графический интерфейс для MIDI-синтезатора FluidSynth
Lilypond - программа для набора текста ноты
Denemo - графический редактор музыкальных нот для Lilypond
RoseGarden - музыкальный редактор и MIDI/аудио секвенсер
Jackd2 - комплект подключения аудио JACK (сервер и примеры клиентов)

Серверные программы:
Moodle - система управления для обучения в режиме онлайн