Потобная штука началась и у меня, как раз после обновления до 11.10 с 10.10
В режиме отладки помогал сброс "Х" сервера, как оказалось проблема была в видеокарте, вернее в её выборе при загрузке. Убунта видела интегрированную карту, но при установке на проприетарную драйверов инвидиа теряла из поля видимости обе.
