YADSync больше подходит для синхронизации каталогов с документами, фотографиями, медиафайлами (которые не меняются или меняются редко) чем для бекапа (Backup) системы с возможностью восстановления. Для этого лучше пользоваться специальными инструментами, например утилитой Back In Time, от этого же разработчика.